Pirmą kartą istoriniuose rašytiniuose šaltiniuose Molėtų vardas paminėtas 1387 m. vasario 17 d. Jogailos dovanojimo rašte, kuriuo įteisinami naujai įkurtos Vilniaus vyskupijos dovanojami dvarai ir žemės.

Kada buvo pastatyta pirmoji bažnyčia Molėtuose - nėra jokių žinių, tačiau galima spėti, kad tai įvyko XIV a. pabaigoje ar XV a. pradžioje, nes naujose vyskupijos žemėse buvo sparčiai statomos bažnyčios: 1387 m. Jogaila pastato bažnyčią Tauragnuose, netrukus Vytautas pastato bažnyčią Utenoje ir 1410 m. Giedraičiuose. Greičiausiai apie šį laiką bažnyčia buvo pastatyta ir Molėtuose.

1522 m. vizitacijos raštuose Molėtų bažnyčia jau minima.

1700 m. vyskupas Bžostovkis pastatė naują medinę bažnyčią. 1781 m. Molėtų parapija turėjo 3027 parapijiečius. XVIII a. Molėtuose jau buvo ir parapijinė mokykla. Ją mini 1804 m. ir 1828 metų vizitacijos aktai.

1905 m. kunigas Kazimieras Bandzevičius su parapijiečiais pradėjo naujos mūrinės bažnyčios statybą, o 1907 m. pastatytą bažnyčią konsekravo Vilniaus vyskupas E. Roppas. Lenkams okupavus Vilniaus kraštą, Molėtai tapo Kaišiadorių vyskupijos parapija ir dekanato centru.

XX-XXI a. iš Molėtų parapijos kilo kunigai: kun. Kulbis, kun. Jonas Žvinys, kun. Petras Guobys, kun. Vidas Jelinskas, kun. Povilas Stankevičius, kun. Marius Talutis.

Molėtų parapijoje tarnavę kunigai

Patys seniausi duomenys apie Molėtų kunigus neišlikę, o iš esamų dokumentų galima atsekti, kad Molėtų parapijoje klebono pareigas ėjo šie kunigai:

Nuo 1681 m. - kun. Jonas Kazimieras Bžeševskis

Nuo 1693 m. - kun. Petras Mikalojus Ruškevičius

Nuo 1729 m. - kun. Karolis Jonas Mereckis

Nuo 1747 m. - kun. Petras Jonas Reminkevičius

Nuo 1750 m. - kun. Ignas Domininkas Oniševkis

Nuo 1770 m. - kun. Antanas Januškevičius

Nuo 1804 m. - kun. Pranciškus Butrimas

Nuo 1820 m. - kun. Petras Staševičius

Nuo 1829 m. - kun. Benediktas Bankovskis

Nuo 1861 m. - kun. M. Staševskis

Nuo 1874 m. - kun. Juozapas Pikturna

Nuo 1876 m. - kun. Teodoras Obolevičius

Nuo 1891 m. - kun. Jonas Navickas

Nuo 1899 m. - kun. Kazimieras Bandzevičius

Nuo 1924 m. - kun. Matas Lajauskas

Nuo 1941 m. - kun. Juozapas Kraujalis

Nuo 1943 m. - kun. Jonas Dzekunskas

Nuo 1954 m. - kun. Juozapas Andrikonis

Nuo 1955 m. - kun. Jonas Mintaučkis

Nuo 1960 m. - kun. Bronius Bulika

Nuo 1967 m. - kun. Juozapas Andrikonis

Nuo 1973 m. - kun. Romualdas Šalčiūnas

Nuo 1977 m. - kun. Ignacas Milašius (T. Adomas) OFM Cap.

Nuo 1992 m. - kun. Zenonas Navickas

Nuo 1993 m. - kun. Vilnis Viktoras Cukuras

Nuo 2002 m. - kun. Kęstutis Kazlauskas